Autoboty i Deceptikony prowadzą ze sobą ciągłą walkę. O ile Autoboty stoją po stronie dobra i starają się chronić ludzkość, o tyle Deceptikony zrobią wszystko, aby osiągnąć swój cel, którym jest przede wszystkim panowanie nad Wszechświatem i tym samym również Ziemią.
Tym, co obie strony chcą zdobyć jest tak zwana Wszechiskra. W zasadzie do końca nie wiadomo, czym jest i skąd się wzięła, wiadomo tyle że jest obiektem pożądania zarówno Autobotów jak i Deceptikonów. Z wyglądu przypomina sześcian, który ozdobiony jest różnorodnymi symbolami. Nie do końca wiadomo skąd się wzięła, wiadomo jedynie iż została wykonana przez Twórców, którzy jak można się domyślić są również twórcami Autobotów. Ma niezwykle moce, a przede wszystkim moc ożywiania urządzeń mechanicznych. Zawiera w sobie bowiem ogromne pokłady Energonu czyli energii życiowej Autobotów, dlatego jest w stanie każde urządzenie mechaniczne przekształcić w Autobota. Dla Deceptikonów Wszechiskra pozwala nie tylko na to, aby zdobyć pokłady Energonu, ale również aby zdobyć zasoby militarne. W przypadku bowiem gdy ożywieniu ulegną ziemskie przedmioty, są one pozbawione rozumu, kierują się jedynie agresją, dlatego łatwo nimi sterować i wykorzystywać do najbardziej niecnych celów. Wszechiskra dała początek Cybetronowi, jednakże wtedy stworzone z niej istoty były nie tylko myślące, ale również zdolne do wielu wyższych emocji. Autoboty chcą chronić Wszechiskrę, aby nie wpadła ona w ręce Deceptikonów. Nazywana częścią Kością Wszechiskra zawiera bowiem bardzo wiele istotnych informacji, takich jak na przykład historia Cybertronu. Pewny problemem jest fakt iż do poznania konieczna jest znajomość pradawnego języka, a z tym zarówno Autoboty jak i Deceptikony mają spory problem.

Gdzie rozpoczął się konflikt?

O ile walki pomiędzy Atobotami i Deceptikonami prowadzone są w większości na Ziemi, o tyle sam konflikt powstał o wiele wcześniej i dużo dalej. Cybertron był planetą, na której Autoboty i Deceptikony prowadziły wojnę domową. Obie frakcje wywodzą się z Cybertronian czyli mieszkańców planety. Megatron był założycielem Deceptikonów, przynależność do nich lub Autobotów była dobrowolna. Wojna domowa tocząca się na Cybertronie była niezwykle wyniszczająca dla planety, ponadto w pewnym momencie przewaga była po stronie Deceptikonów. Autoboty zaś były nastawione przede wszystkim na ochronę dobra  w tym także innych gatunków zamieszkujących Kosmos, kóre Deceptikony bez wahania są w stanie unicestwić.

Pakt ze złem

Gdy przewaga Deceptikonów podczas walk na Cybertronie zaczęła być znacząca, przywódcza Autobotów, Sentinel Prime, podjął jedną z trudniejszych decyzji. Aby uchronić Autoboty przed całkowitą zagładą zdecydował się na podpisanie paktu z Deceptikonami. Pakt zawarty przez Sentinela z Megatronem miało przypieczętować spotkanie. Sentinel wyruszył na nie stakiem o nazwie Arka, na pokładzie którego znajdowały się tak zwane filary Mostu Kosmicznego, czyli technologii która mogłaby stanowić o przewadze jednej ze stron. Niestety do spotkania nigdy nie doszło, ponieważ statek wraz z Sentinelem na pokładzie został zestrzelony przez kilku Deceptikonów, nie mających świadomości o zawartym przez ich przywódcę pakcie.

Konflikt na Ziemi

Walki przeniosły się do Kosmosu i na Ziemię po tym, jak Autoboty pod przewodnictwem Optimusa Prime’a, następcy Sentinela przegrały walkę na Cybetronie. Celem obu frakcji stało się odnalezienie zaginionej Wszechiskry, która mogła zapewnić wygraną jednej ze stron. Przez wiele lat obie strony próbowały ją odnaleźć, na jej trop trafił Megatron i udało mu się ją zdobyć, zanim znalazł ją Optimus Prime. Artefakt znajdował się na Ziemi, jednak pole magnetyczne sprawiło, że Megatron rozbił się wraz z nią i został zamrożony na biegunie. Odkrycie Megatrona przez poszukiwaczy i jego odmrożenie było przyczyną pierwszych konfliktów, gdyż ściągnęło na Ziemię nie tylko Autoboty, ale również coraz większe ilości Deceptikonów. Na barkach Atubotów, poza ochroną Wszechiskry spoczęła również odpowiedzialność za ludzkość i konieczność jej ochrony przed Deceptikonami.